揭陽農墾局內設機構11個，分別為辦公室（內設保密委員會辦公室、計劃生育辦公室、信訪辦公室）、發(fā)展計劃科（內設國土房產辦公室，墾區(qū)公路建設養(yǎng)護管理辦公室）、科技生產科（內設安全生產管理辦公室、綠化委員會辦公室）、企業(yè)管理科（內設國有資產管理辦公室、外資項目辦公室、經(jīng)濟研究室）、審計科、財務科（內設財務結算中心）、組織人事科（內設勞動工資科、宣傳科、衛(wèi)生、離退休人員管理）、社會事業(yè)管理科、保衛(wèi)科、紀檢監(jiān)察科、工會。
